實驗室純水系統對于整個系統的操作、維護以及運行非常重要。因此純水制備系統的顯示面板所顯示的信息應該簡單明了，同時控制面板的操作也應該簡易快捷。同時為了保證純水制備系統的正常運行和產水水質，不僅要監控產水水質，同時也應該對進水水質進行監控(自來水水質)。然后還應考慮整個純水制備系統所占用的空間以及系統運行成本。

　　實驗室純水系統設計需精確評估純水儲存系統的儲存量，純水儲存系統應該能夠平衡純水制備系統和實驗室每天用水總量、高峰用水量之間的關系。每個實驗室都有其用水規律，因此純水儲存系統不僅僅應該滿足客戶每天的用水量，還應滿足實驗室高峰用水的需求。

　　儲存系統在每日高峰用水之間可以起到緩沖的作用，使得純水制備系統有足夠的時間生產出實驗室每日所需的純水。同時純水儲存水箱必須能夠保證純水的水質穩定免受污染。水箱的材料和諸多設計細節都會影響到水箱所存儲純水的水質。這些設計細節包括：封閉式設計、錐形底、呼吸器、呼吸器中濾芯的選擇和衛生溢流口。例如，不合適的呼吸器或濾芯會導致空氣中的污染物進入水箱，從而降低水箱中純水的水質。

　　純水分配系統的主要目的在于通過分配泵和純水分配管路將純水輸送到每個用水點。為保證管路中純水的流速和壓力，實驗室純水設計人員應該精確計算管路系統和管路中設備所帶來的壓力損失，從而選擇合適的分配泵。

　　為保證管路中純水的水質，應該選擇合適的管道材料和管道連接方法。同時還應采用循環管路設計和并使用適當的閥門，從而使得管路中純水能夠以適當的流速循環，抑制微生物的滋生并避免發熱。